En mai 1939, la menace de guerre se précise, les quatre sous marins sont affectés à Bizerte, formant la 20^ème DSM au sein de la 6^ème escadrille. Le Rubis porte le n° 202. Le 3 septembre 1939, à la déclaration de guerre, le Rubis est en carénage. A la fin de 1939, le carénage terminé, le Rubis après un entraînement intensif d’un mois est transféré avec le Saphir et le Nautilus à Brest. 

En avril 1940, le Danemark et la Norvège étant envahis, les alliés veulent interrompre le trafic du minerai de fer vers l’Allemagne. Ils décident de mouiller rapidement des champs de mines sur les côtes norvégiennes et à l’entrée de la Baltique. Les anglais demandent l’affectation des mouilleurs de mines français en Angleterre. Devant la menace d’entrée en guerre de l’Italie, la France décide de renvoyer le Saphir et le Nautilus en Méditerranée et de n’affecter que le Rubis en Angleterre.

Il appareille pour l’Angleterre en avril 1940 avec son chargement de mines, affecté à la 9^ème flottille de sous marins à Dundee en Ecosse où, le navire mouilleur de mines Pollux y apporte un stock de mines pour les opérations suivantes. L’état major du Rubis est composé du Lieutenant de Vaisseau Georges Cabanier commandant, de l’enseigne de vaisseau Henri Rousselot officier en second, et de l’enseigne de vaisseau Henri Simon Dubuisson officier en 3^ème. 

Le Rubis est à Harwich le 1^er mai 1940. Comme il est placé sous commandement britannique, embarquent à bord un officier de liaison, le Lieutenant E.J.D Turner, un quartier maître timonier et un opérateur radio. 

Il appareille pour sa première mission le 3 mai 1940. Le mouillage de 32 mines se fait au sud de Egersund, le 10 mai. Il est de retour le 14 mai. Résultats : deux bateaux de commerce de 54 et 174 tonnes sont coulés. Un cargo de 2.435 tonnes est endommagé. 

2ème mission :  du 23 au 30 mai 1940, à l’intérieur d’un fjord près de l’entrée de Haugesund. L’approche, le transit aller et retour nécessitent 36 heures de plongée. Les mines sont mouillées à 300 mètres de Bleivik. Résultats un chaland de 174 tonnes et un cargo de 938 tonnes sont coulés. 

3ème mission : du 5 au 12 juin 1940. Dans le chenal d’accès nord de Bergen le 9 juin. Le Rubis est détecté au lever du jour par un contre torpilleur allemand sans conséquence. Résultat : un cargo de 1081 tonnes est coulé le 10 juin.

Les nouvelles sont préoccupantes et l’Amirauté française rappelle le Rubis en France à l’issue de sa troisième mission, ainsi que le Jules Verne et la flottille française basée à Dundee. L’Amiral Max Horton adresse au Rubis un message de félicitations et le regret de le voir partir. Parallèlement, l’Amirauté britannique demande à l’Amiral sous marin, de transmettre les félicitations pour les remarquables succès obtenus par le Rubis. Le départ est fixé au 18 juin, mais l’Amirauté Britannique souhaite qu’il ne rentre pas en France avec son chargement de mines et qu’une quatrième opération soit effectuée. La proposition est acceptée par l’Amirauté française sous réserve que le Rubis soit rappelé si une Armistice était signée.

4ème mission : Le Rubis appareille le 20 juin et mouille ses mines le 26 juin, à l’intérieur du fjord de Trondheim, après être passé sous un contre torpilleur en patrouille sans être détecté. L’armistice est signé le 22 juin avec l’Allemagne et entre en vigueur le 25 juin. A la suite de difficultés de transmission, le Rubis n’est pas tenu au courant de la situation. Après le retour au mouillage, il est saisi le 3 juillet 1940 par la Royal Navy. L’opération se passe sans incident grâce aux égards et à la diplomatie du commandant de la 9^ème flottille, le Captain Roper, et du vice amiral Horton. Au moment du choix proposé par le Commandant Cabanier, la majorité de l’état major et de l’équipage s’engagent dans les FNFL, à l’exception d’un jeune officier, d’un officier marinier et de trois quartiers maîtres. L’équipage reprend en main le Rubis qui porte désormais le n° P 15 et entre en petit carénage, intégré au sein de la 9^ème flottille de sous marins Britanniques à Dundee.