Incroyable que cela peut paraître, mais aux cours des premières expéditions en Nouvelle France personne ne se soucie de la présence des Protestants parmi les membres des équipages : En 1541, le catholique Jacques Cartier sert sous les ordres du protestant Roberval et si ses relations sont loin d’êtres parfaites, ce n’est pas la religion qui les sépare. De Monts, ami et compagnon de Samuel de Champlain, professe la religion protestante..

François Ier ordonne à Cartier de faire instruire les Sauvages en l’amour et crainte de Dieu et de sa sainte loi et doctrine chrétienne. Aucune religion n’y est précisée et cette ordonnance est très différente des décrets et ordonnances futures où la doctrine catholique se trouve toujours au cœur des déclarations.

La première ordonnance qui déclare le catholicisme comme la religion prépondérante en Nouvelle France date de 1588 et ces propos s’appliquent par la suite dans toutes les autres concessions. À partir du moment, l’on procède à expulser graduellement les protestants de la colonie. Par exemple, en1627, l’article II de la Charte de la Compagnie des Cent - Associés ordonne aux dits associés de peupler la colonie de naturels français catholiques.

La fameuse révocation de l’Édit de Nantes en 1685 légalise cette discrimination religieuse en faveur des catholiques. Désormais, le protestantisme est légalement exclu de la Nouvelle-France, même si au-delà des édits et des ordonnances, la présence protestante est d’une certaine façon tolérée, puisque les hommes de métier sont rares on les accepte et fermant les yeux devant leur confessionnalité.

Encore en 1642, Paul de Maisonneuve, dont la ferveur catholique ne fait aucun doute accepte les protestants dans la Ville-Marie sous la condition d’être hommes de métier.

Le long des siècles des protestants viennent s’établir comme soldats, ouvriers, déserteurs des colonies anglaises et autres. Au total, environ 1000 protestants sont venus en Nouvelle France et y sont restés au cours d’un siècle et demi ce qui est un chiffre assez important par rapport au nombre total de la population de la colonie.